法務局は申請を止めるようには言わないと思います。
申請自体は受け付けるけれども、不許可になるケースでしょう。
何か要件を満たさない点があると、判断されています。
揃わない書類でもあるのでしょうか?
その点を確認した上で、要件を整えて申請したほうが無難です。
帰化は審査する側の裁量が大きい手続です。
下手をすれば、要件を満たしていても不許可になります。
また、法務局によっても微妙に基準に差があります。
基準と言いますか、裁量部分の差です。
申請の際はそれぞれの法務局の求める要件に対応する必要があります。